遗传分析与测序平台

灵长类转化医学研究院遗传分析与测序平台（以下简称测序平台）是为提升学院在多组学建库测序的技术水平与数据产出效率而组建的院级支撑平台，旨在满足院内各课题组的各种组学建库与测序需求。

平台目前拥有一代测序（ABI3130XL）、二代测序（Illumina Nextseq 2000）、三代测序（Nanopore ONT）、单细胞文库构建（10 x Genomics）等测序平台与单细胞多组学文库构建技术，为学院提供高质量的测序文库构建、测序服务、遗传分析与新技术培训；同时负责单细胞多组学、空间组学等各种量大价高的大宗共性测序试剂耗材的采购、与商业公司的各种测序服务价格的谈判等。平台优先服务院内各课题组的建库测序需求，同时也为院外有需求的研究团队开放共享。

（一）样本处理

测序平台提供组织样本预处理、DNA/RNA核酸提取、组织/细胞样本提核、文库制备、上机测序、数据质控与分析等服务，各课题组根据需求可选择单项服务（如核酸提取、提核、上机）或全流程服务，平台按服务项目收取一定的试剂耗材费与人员费；

（二）试剂耗材采购与共享

多组学建库测序试剂盒需要配套第三方试剂，有些第三方的试剂耗材货期长，因此测序平台将储备一些多组学建库测序专用的共性试剂耗材，以满足学院建库测序需求，课题组可按采购价使用。

（三）服务项目清单

测序平台为研究院提供多样化的建库、上机、数据分析服务,主要提供单个细胞/微量细胞/组织样本的多组学建库测序服务，院内测序平台的服务项目包括但不限于以下内容：

1、基于10 x Genomics平台的单细胞多组学文库构建与测序分析

（1）单细胞转录组测序scRNA-seq

（2）单细胞染色质开放区测序scATAC-Seq

（3）单细胞多组学测序scRNA&ATAC-seq

（4）单细胞免疫组测序scV(D)J-Seq

（5）单细胞空间转录组测序scSpatiotemporal-seq

2、基于SMART-seq技术的单个细胞或微量细胞/组织的RNA建库测序或多组学测序分析

（1）SMART-seq：单/微量细胞RNA建库测序分析；

（2）scDNA&RNA-seq：单/微量细胞RNA+DNA建库测序分析;

（3）scRNA&ATAC-seq：单/微量细胞RNA+ATAC建库测序分析;

（4）scRNA&CUT&Tag-seq：单/微量细胞RNA+CUT&Tag建库测序分析；

（5）scHiC-seq：单细胞空间构象测序。

3、基于Oxford Nanopore三代测序仪的直接测序

（1）Nanopore-DNA-Seq：DNA单分子直接测序；

（2）Nanopore-RNA-Seq：RNA单分子直接测序；

4、其他常规测序

（1）ATAC-seq：染色质开放区测序；

（2）Hi-C：染色质构象捕获测序；

（3）CUT&TAG-Seq：组蛋白修饰测序；

（4）其它常规转录组、基因组等测序项目。

5、基于一代Sanger测序技术的服务项目

（1）STR基因型分型（亲子鉴定、细胞来源鉴定等）；

（2）PCR产物测序。

平台收费标准实行院内、院外、校外三级差别收费制度。收费标准根据建库、测序、质控试剂的采购成本核算确定，收费原则是与商业公司的同类外包服务项目相比，测序平台的建库质量应不低于商业公司同类服务，但对院内各课题组的收费要显著低于商业公司的同类服务项目的收费标准。